შოთა მესხიას ზუგდიდის სახელმწიფო სასწავლო უნივერსიტეტის მთავარი მმართველობითი ორგანოებია აკადემიური საბჭო და წარმომადგენლობითი საბჭო. აკადემიური საბჭოს თავმჯდომარე არის უნივერსიტეტის რექტორი.