საქართველოს მთავრობის 2007 წლის 13 ივლისის #145 დადგენილებით დაფუძნდა სსიპ უმაღლესი საგანმანათლებლო დაწესებულება  სამეგრელოს რეგიონში სამი სრულიად განსხვავებული მისიის მქონე სასწავლებლის  ივანე ჯავახიშვილის სახელობის თბილისის სახელმწიფო უნივერსიტეტის ზუგდიდის ფილიალის, სსიპ ზუგდიდის პროფესიული ლიცეუმისა და სსიპ სენაკის აგრარულ–ეკონომიკური კოლეჯის ბაზაზე.

საქართველოს მთავრობის 2008 წლის 15 მაისი #122 დადგენილებით  უმაღლეს საგანმანათლებლო დაწესებულებას გამოჩენილი ქართველი ისტორიკოსისა და საზოგადო მოღვაწის  შოთა მესხიას  სახელი ეწოდა და დაფუძნდა შოთა მესხიას ზუგდიდის სახელმწიფო ინსტიტუტი.

საქართველოს მთავრობის 2009 წლის 09 ოქტომბრის #182  დადგენილებით შოთა მესხიას ზუგდიდის სახელმწიფო ინსტიტუტის სახედ განისაზღვრა სასწავლო უნივერსიტეტი და შეეცვალა სახელი – შოთა მესხიას ზუგდიდის სახელმწიფო სასწავლო უნივერსიტეტი.

2009 წელს არჩეულ იქნა უნივერსიტეტის პირველი რექტორი, პროფესორი თეონა ხუფენია.

საქართველოს მთავრობის 2011 წლის 1 დეკემბრის #456 დადგენილებით  საჯარო სამართლის იურიდიული პირი – შოთა მესხიას ზუგდიდის სახელმწიფო სასწავლო უნივერსიტეტი რეორგანიზებულ იქნა არასამეწარმეო (არაკომერციული) იურიდიულ პირად – შოთა მესხიას ზუგდიდის სახელმწიფო სასწავლო უნივერსიტეტად.

           საქართველოს მთავრობის 2013 წლის 29 ივლისის #185 დადგენილებით არასამეწარმეო (არაკომერციული) იურიდიული პირი – შოთა მესხიას ზუგდიდის სახელმწიფო სასწავლო უნივერსიტეტი რეორგანიზებულ იქნა საჯარო სამართლის იურიდიულ პირად – შოთა მესხიას ზუგდიდის სახელმწიფო სასწავლო უნივერსიტეტად.

 შოთა მესხიას ზუგდიდის სახელმწიფო სასწავლო უნივერსიტეტი საქართველოს უმაღლეს საგანმანათლებლო სივრცეში პირველთაგანია, სადაც ხორციელდება ერთდროულად აკადემიური და პროფესიული საგანმანთლებლო პროგრამები.  რეგიონში ერთადერთი სახელმწიფო  უმაღლესი  საგანმანათლებლო დაწესებულება წარმოადგენს ძლიერ საგანმანათლებლო სასწავლო–სამეცნიერო ცენტრს, რომელიც არის  ხარისხიანი განათლებისა და მაღალი კულტურული აზროვნების ფორმირების  გარანტი.

საქართველოს საგანმანათლებლო სივრცეში მიმდინარე რეფორმებისა და რეგიონის ბაზრის მოთხოვნების გათვალისწინებით გამოიკვეთა უნივერსიტეტის პრიორიტეტები და განისაზღვრა უნივერსიტეტის მისია –

რეგიონის ინტერესებისა და მოთხოვნების  გათვალისწინებით მოამზადოს   ქართული და მსოფლიო კულტურის ღირებულებების, დემოკრატიული და ჰუმანიზმის იდეალებზე ორიენტირებული, თანამედროვე მოთხოვნების შესაბამისი კომპეტენციის მქონე, შიდა და საგარეო შრომის ბაზარზე უმაღლესი და პროფესიული განათლების მქონე, კონკურენტუნარიანი, მაღალკვალიფიციური კადრი.   ინსპირირება გაუკეთოს ოპტიმიზმისა და მომავლის რწმენის ჩამოყალიბებას, შექმნას ხარისხი და განსხვავებული ეფექტი, გახდეს განათლების სფეროში რეგიონული ცენტრი, დამსაქმებლებსა და დასაქმებულებისთვის განიხილებოდეს, როგორც ყველაზე სასურველი პარტნიორი, იყოს ადგილი, სადაც დასაქმებული ადამიანები შეძლებენ საკუთარი შესაძლებლობების მაქსიმალიზაციას, გახდეს რეგიონში ეკონომიკური მიზიდულობის ცენტრი, სასწავლო პროცესში ინოვაციების დანერგვისა და მიღებული შემოსავლებით აკდემიური სწავლება გაუთანაბროს ევროპულ სტანდარტებს, იყოს მაღალეფექტური, მოქნილი და სწრაფად განვითარებადი სასწავლებელი. 

შოთა მესხიას ზუგდიდის სახელმწიფო  სასწავლო უნივერსიტეტი აერთინებს  სამ ფაკულტეტს: ბიზნესისა და სამართლმცოდნეობის, ჰუმანიტარული, ჯანდაცვის.  დღეს, უნივერსიტეტში პროფესიული, ბაკალავრიატის, მაგისტრატურის საგანმანათლებლო პროგრამებზე 1400-მდე სტუდენტი სწავლობს.

გაფორმებულია ურთიერთთანამშრომლობის მემორანდუმები, რომელთა რიცხვი იზრდება უნივერსიტეტის სტრატეგიის   შესაბამისად. გაფორმებულია მემორანდუმები  უცხოეთის და საქართველოს უმაღლეს დაწესებულებებთან, კოლეჯებთან, სამთავრობო და არასამთავრობო ორგანიზაციებთან, სამედიცინო დაწესებულებებთან, საერთაშორისო ორგანიზაციებთან, ბანკებთან, სასწავლო ცენტრებთან, საადვოკატო კომპანიებთან.

ეტაპობრივად იზრდება სასწავლო უნივერსიტეტის აკადემიური პერსონალის რიცხოვნობა, ამჟამად უნივერსიტეტის სასწავლო და კვლევით პროცესში ჩართულია 36 აკადემიური პერსონალი, 150 მოწვეული პროფესორ – მასწავლებელი, 66 ადმინისტრაციული და დამხმარე პერსონალი.

აკადემიური პერსონალის პროფესიულ განვითარებასა და სტუდენტთა კვალიფიციურ კადრებად ჩამოყალიბებას ემსახურება უნივერსიტეტის სწავლა – სწავლების ეფექტური გარემო:

სასწავლო კორპუსები სასწავლო და დამხმარე ფართებით ზუგდიდსა და სენაკში, უახლესი ლიტერატურით მდიდარი ბიბლიოთეკა, თხუთმეტი  ათასამდე წიგნადი ფონდით, ელექტრო წიგნებითა და საინფორმაციო საძიებო სისტემით, თანამედროვე სტანდარტების შესაბამისი 7 კომპიუტერული ლაბორატორია 400 –ზე მეტი კომპიუტერით და სხვა აუცილებელი ტექნოლოგიებით, ფარმაციის მიმართულების ლაბორატორია, კრიმინალისტიკის ლაბორატორია, იმიტირებული სასამართლო დარბაზი, ინგლისური ენის შემსწავლელი ცენტრი, სააქტო და საკონფერენციო დარბაზები,  სპორტული დარბაზები.

20 ჰა სასოფლო–სამეურნეო დანიშნულების მიწა სასათბურე მეურნეობებით, მეცხოველეობის ფერმით, აგრო და ვეტლაბორატორიებით. შექმნილია  ინკლუზიური განათლებისთვის ხელსაყრელი პირობები.

2012 წელს უნივერსიტეტმა წარმატებით გაიარა ავტორიზაცია და საგანმანათლებლო პროგრამებმა პროგრამული აკრედიტაცია. ხორციელდება აკადემიური – 3 სამაგისტრო, 7 საბაკალავრო, დუალური(სამუშაოზე დაფუძნებული), მოდულური  და საგნობრივი 28 პროფესიული საგანმანათლებლო პროგრამები. ასევე ხორციელდება 14 მოკლევადიანი გადამზადების კურსები. უნივერსიტეტი ინარჩუნებს რეგიონისთვის პრიორიტეტულ  დარგებს და ამავე დროს, თანამედროვე მოთხოვნების შესაბამისად, ნერგავს და ავითარებს ახალ მიმართულებებს.

სასწავლო უნივერსიტეტს მჭიდრო პარტნიორული ურთიერთობა აქვს ქვეყნისა და უცხოეთის წამყვან უმაღლეს საგანმანათლებლო დაწესებულებებთან. უნივერსიტეტის აკადემიური პერსონალი აქტიურად მონაწილეობს მსოფლიოს სხვადასხვა ქვეყნებში ჩატარებულ სამეცნიერო კონფერენციებსა და გაცვლით პროგრამებში.

2014 წლის 1-4 ოქტომბერს შოთა მესხიას ზუგდიდის სახელმწიფო სასწავლო უნივერსიტეტმა უმასპინძლა  მსოფლიო ფოლკლორისტთა სამეცნიერო კონფერენციას,  რომელშიც მონაწილეობას ღებულობდა მსოფლიოს 17 ქვეყნის 59 მეცნიერი.

სასწავლო უნივერსიტეტი საგანმანათლებლო პროგრამებით  ჩართულია საერთაშორისო პროექტებში, 2012-2014 წლები TEMPUS-ის პროგრამა CASEDE "სტუდენტური კარიერის განვითარება საქართველოში" ,  PICASA ,,ინტერნაციონალიზაციის ხელშეწყობა“და ასევე 2012-2014 წლები ERASMUS MUNDUS-ის სტუდენტთა და აკადემიური პერსონალის მობილობის საერთაშორისო პროგრამა EMINENCE-ში. შოთა მესხიას ზუგდიდის სახელმწიფო სასწავლო უნივერსიტეტის პარტნიორები არიან როგორც საქართველოს წამყვანი უნივერსიტეტები, ასევე ევროკავშირის წევრი ქვეყნის უნივერსიტეტები (პოლონეთი, შვედეთი, პორტუგალია, იტალია, საფრანგეთი). დაწყებულია და გრძელდება პარტნიორული ურთიერთობები: გერმანია (2 უნივერსიტეტი), ირლანდია, ესტონეთი, შვედეთი (2   უნივერსიტეტი),  ესპანეთი იტალია (3 უნივერსიტეტი).

უნივერსიტეტმა „TWINING“-ის (უნივერსიტეტების შესაძლებლობების გაძლიერება ბოლონიის პროცესების განხორციელებისათვის) პროექტის ფარგლებში უმასპინძლა მერვე რეგიონულ სამიტს.

უნივერსიტეტი მასპინძლობს რეგიონში სამთავრობო და არასმთავრობო შეხვედრებს,  ჩართულია სახელმწიფო სტრატეგიულ პროექტებში.